Ein Jahr nach der Eröffnung der Bahnstrecke Freilassing-Reichenhall im Jahr 1866 wurde die Projektierung der Verlängerung nach Berchtesgaden vergeben, die Unterstützung bei der Administration der bayerischen Berg-, Hütten- und Salzwerke fand. Diese Projektierung war erst 1884 abgeschlossen.

Am 29. Mai 1886 wurde die Verlängerung der Bahnstrecke Freilassing–Reichenhall bis Berchtesgaden vom bayerischen Landtag genehmigt. Der Bahnhof Berchtesgaden entstand neben der Saline Frauenreuth. Am 25. Oktober 1888 wurde die Strecke offiziell eröffnet. Der Bahnhof besaß damals drei Gleise, an einem der Gleise befand sich ein Bahnsteig. Die anderen beiden Gleise waren Ladegleise. Außerdem gehörten noch ein Lokschuppen und ein dreistöckiges Empfangsgebäude dazu. Zum gleichen Zeitpunkt wurde die erste Postexpedition am Marktplatz eingerichtet. Im Jahr 1940 wurde der Bahnhof in Berchtesgaden neu erbaut und in diesem neuen Gebäude fand auch das Postamt (Berchtesgaden 2) im linken Flügel ihren Platz.